한국관세무역개발원

1. 처분 개요

가. 청구법인은 2021.8.26. 외국무역선(선명 : ○○○, 이하 ‘쟁점 선박’이라 한다)을 「관세법」 제144조에 따라 내항선으로 자격을 전환하면서, 수입신고번호 ○○○으로 쟁점 선박에 적재되어 있던 BUNKER-C 등 잔존유류 ○○○리터(이하 ‘쟁점물품’이라 한다)를 수입신고하고, 관세 등 합계 ○○○원을 신고납부하였다.

나. 쟁점 선박은 2021.8.26. 「관세법」 제144조에 따른 내항선에서 외국무역선으로의 자격 전환 승인절차를 이행하지 아니한 채 출항하였다.

다. 청구법인은 2021.11.4. 쟁점물품에 대하여 제출번호 ○○○호로 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급 사무처리에 관한 고시」(이하 ‘「관세환급 고시」’라 한다) 제68조에 따른 ‘환급대상수출물품 반입(적재)확인(신청)서’(이하 ‘쟁점 적재확인서’라 한다)의 발급을 신청하였으나 처분청은 2021.11.5. 이를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2022.1.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점물품은 적재허가 대상이 아니라 적재확인 대상이고, 쟁점 선박 출항 전에 적재확인이 된 것으로 보아야 한다.

처분청은 쟁점물품이 적재허가 대상이라는 의견이나 적재허가는 당초 선박에 적재되어 있지 아니한 물품을 적재하기 위하여 사전에 행정기관이 행하는 행정처분으로서 이미 적재되어 있는 물품에는 논리적으로 적용될 수 없다.

내항선에서 외국무역선으로 자격을 전환하는 선박에 이미 적재되어 있는 물품에 대하여 환급대상 수출물품을 제외하고는 법규상 적재허가 절차를 규정하고 있지 아니하고, 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」(이하 ‘「관세환급특례법」’이라 한다) 제4조 및 같은 법 시행규칙 제3조에서도 수출 등의 사실 확인에 대해서만 규정하고 있을 뿐 적재(공급)에 대한 허가 절차를 규정하고 있지 아니한 점 등을 종합해 보면, 「관세환급 고시」 중 이미 선박에 적재되어 있는 환급대상수출물품에 대하여는 적재확인 절차 규정만이 유효하고 적절하므로 쟁점 선박에 이미 적재되어 있던 쟁점물품은 적재허가 대상이 아니라 적재확인 대상이다.

「관세환급 고시」 제68조에서 환급대상 수출물품에 대한 적재확인 유형을 규정하고 있고, 같은 조 제1항 단서에서 각 호의 사유에 해당되는 경우에는 검사를 실시하거나 공인검정기관이 발행한 검정서를 제출할 수 있도록 규정하여 법규상으로도 공인검정기관이 발행한 검정서를 세관직원의 검사와 동등하게 인정하고 있는데, 쟁점물품은 가장 엄격한 적재확인 방식인 국가공인검정기관(Korea Surveyors and Adjusters Co., Ltd., 이하 ‘쟁점 검정기관’이라 한다)이 발행한 검정서(검정서 번호 : ○○○, 이하 ‘쟁점 검정서’라 한다)에 의해 적재확인이 되었으므로 세관직원이 검사한 것과 동등한 것으로 인정되어야 한다.

처분청은 「관세환급 고시」에 따라 쟁점물품에 대해 적재허가와 적재확인을 모두 받아야 하는데, 청구법인이 이를 이행하지 않았기 때문에 적재확인서 발급요건을 갖추지 못했다는 의견이나, 외국무역선에 내륙의 선용품을 적재하는 경우에는 ① 적재허가 → ② 적재 → ③ 적재확인의 절차를 거쳐야 하지만, 쟁점물품과 같이 자격전환으로 선박에 이미 적재되어 있던 물품에 대해서는 적재확인 1개의 절차로 완료되므로 적재허가가 필요 없는 쟁점물품은 적재사실만 확인되면 적재확인서 발급요건을 갖추게 되는 것이다.

(2) 적재확인서 발급신청은 관세환급 신청 전까지 가능하므로 이 건 처분은 취소되어야 한다.

처분청은 청구법인이 출항 전 적재확인 절차를 지키지 않았고, 이로 인해 쟁점물품의 수량 확인이 불가하여 출항 후에 쟁점 적재확인서를 발급할 수 없다는 의견이나, 쟁점물품은 2021.8.26. 수입신고되었고, 같은 날인 2021.8.26. 쟁점 선박이 출항하였으므로 수입신고 수량과 적재 수량이 동일한 것이 명확하며, 쟁점 검정서에 의해서 적재 수량이 입증되므로 처분청의 수량 확인 불가라는 주장은 설득력이 없다.

출항 전 적재확인 등 절차는 실제 관세환급요건 충족 여부를 확인하기 위한 방법을 정하고 있는 것에 불과한데, 쟁점물품은 ① 수입 시 관세 등을 납부하였고, ② 관세 등을 환급받을 수 있는 원재료에 해당되며, ③ 관세 등을 환급받을 수 있는 수출에 해당되어 「관세환급특례법」상 관세환급의 실질적 요건 3가지를 모두 충족하였으므로 사후 적재확인서가 발급되어야 한다.

또한 「관세환급특례법 시행규칙」 제3조에서 수출 등의 사실 확인은 물품을 공급할 때부터 환급을 신청할 때까지 받을 수 있도록 규정하고 있으므로 이 건과 같이 부득이한 경우의 환급대상 수출물품에 대한 적재확인은 선박 출항 후 관세환급을 신청하기 전까지 받을 수 있다.

「관세환급 고시」 제61조 제3항 및 제71조 제1항에서 보세공장·자유무역지역·보세판매장·종합보세구역에 반입하는 물품 등에 대하여 ‘환급대상 수출물품 반입(적재)확인(신청)서’(이하 보세구역 반입확인시 제출하는 경우에는 ‘반입확인서’, 선용품 적재확인 시 제출하는 경우에는 ‘적재확인서’라 한다)를 사후에 발급할 수 있도록 규정하고 있고, 관세청에서 ‘MCP 등에 대한 물품반입확인서 사후발급 지침’을 시달하여 물품반입 후 몇 년이 경과된 MCP 등에 대하여 반입확인서를 사후 발급해 준 사례가 있으며, 조세심판원에서도 사전에 적재허가를 받지 아니하였으나 사후에 확인된 잔존유류에 대하여 적재허가서를 발급하여야 한다고 결정한 사례(조심 2008관49, 2008.8.28.)도 있는바, 쟁점물품에 대해서도 사후 적재확인서가 발급되어야 한다.

처분청은 보세공장에 반입되는 물품 등에 대한 반입확인서 사후 발급은 관련 규정에 따른 것이고, 선용품 대해서는 관련 규정이 없으므로 적재확인서를 사후에 발급할 수 없다는 의견이나, 보세공장 등에 대한 반입확인서의 사후 발급 논거는 반입사실 확인이 가능함에 있는바, 쟁점물품도 수입신고일 당일 출항하였고 쟁점 검정서에 의해 적재사실이 확인되므로 적재확인서 사후 발급이 가능하다.

한편, 「수출통관 사무처리에 관한 고시」 제26조 제3항 제4호에서 ‘수량(중량)정정으로 수출금액이 증가하는 경우는 계약서 등 거래 관련 서류에 의하여 정정 내용을 확인한 경우’에 수출신고 정정을 승인하도록, 증가한 수량에 대해서는 사후 수출신고 수리를 인정하도록 각 규정하고 있는 점을 보면 출항 후에 적재확인서도 당연히 발급되어야 한다.

(3) 이 건 처분은 비례의 원칙 및 실질과세원칙에 위배된다.

「행정기본법」 제10조 제3호에서 ‘행정작용으로 인한 국민의 이익 침해가 그 행정작용이 의도하는 공익보다 크지 아니할 것’이라고 규정하고 있다.

쟁점 적재확인서 교부 신청은 총대리점인 ○○○(이하 ‘AAA’라 한다)가 대행하였고, AAA는 이를 다시 현지 지역대리점인 BBB 주식회사에게 대행하도록 하였는데, 법적책임을 지는 AAA는 자본금이 ○○○원에 불과한 영세기업으로 주로 내항선 업무를 대행하고, 국제무역선 업무는 드물게(연 2∼3회) 대행하므로 관련 업무처리에 익숙하지 못하며, 이 건 처분으로 인해 약 ○○○원의 손해를 배상해야 하여 기업의 존폐위기 상황에 처해 있는바, 이 건 처분은 비례의 원칙을 위반한 것이다.

한편 청구법인은 쟁점물품의 수입통관 당시 개별소비세·교통세·교육세 및 부가가치세 등 총 세액의 86%를 국세로 납부하였으므로 이 건에는 「국세기본법」을 적용할 수 있고, 같은 법 제14조에서 실질 내용에 따라 국세를 과세하도록 규정하고 있으므로 이러한 실질과세의 원칙은 균형의 원칙에 따라 국세의 환급에도 적용되어야 마땅한바, 이 건 처분은 「국세기본법」에서 규정하고 있는 실질과세의 원칙을 위반한 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점물품은 적재허가 및 적재확인 대상인데, 청구법인은 이를 모두 이행하지 아니하였다.

청구법인은 이미 선박에 적재되어 있는 환급대상 수출물품은 적재허가 대상이 아니고 적재확인대상이며, 선용품에 대해서는 관련 고시 중 적재확인 절차 규정만이 유효하고 적절하다고 주장하나, 「관세환급특례법 시행규칙」 제3조에서 ‘수출 등에 제공된 물품에 대하여 관세 등의 환급을 받으려는 자는 관세청장이 정하는 바에 따라 물품을 공급할 때 또는 환급을 신청할 때 세관장으로부터 수출 등의 사실을 확인’받도록 규정하고 있고,

「관세환급 고시」 제66조, 제67조 및 제68조에서 적재허가 및 신청과 관련된 수출 등의 사실 확인에 대한 일련의 절차를 규정하고 있는데, 같은 고시 제66조에서 외국무역선에 적재하려는 선용품에 대해 적재허가를 받으려는 자는 세관장에게 적재허가를 받도록 규정하고 있고, 제67조 제2항에서 내항선을 외국무역선으로 자격 전환할 때 해당 선박에 남아있는 유류에 대하여 적재허가서를 발급할 수 있도록 규정하여 이미 선박에 적재되어 있는 선용품 또한 적재허가의 대상임을 분명히 규정하고 있으며, 제68조 제1항에서 적재확인 및 적재확인서 교부는 세관장으로부터 적재허가를 받은 자에 대하여 하도록 규정하고 있다.

따라서 적재확인은 적재허가를 전제로 하는 절차이며, 양자는 분리된 별개의 절차가 아니라 수출 등의 사실 확인을 위한 일련의 절차로 보는 것이 관련 법령 등의 취지에 부합한바, 쟁점 선박은 외국무역선으로 자격전환 절차 위반으로 출항 당시 쟁점 선박에 남아있던 잔존유류의 수량에 대한 확인이 불가할 뿐만 아니라 쟁점물품에 대한 적재허가를 받지 아니한 채 쟁점 선박이 출항한 후에 신청한 쟁점 적재확인서는 관련 법령 등에서 정한 요건을 갖추지 못하였다.

청구법인은 쟁점 검정기관이 발행한 쟁점 검정서가 세관직원의 검사와 동등한 법적 효력이 있고, 쟁점물품은 법규상 적재확인이 된 환급대상 수출물품으로 볼 수 있다고 주장하나, 공인검정기관이 발행한 검정서는 「관세환급 고시」 제68조 제1항에 따라 적재허가를 받은 자가 적재확인서 교부를 신청할 때 같은 항 단서에 따라 필요한 경우에 한하여 제출할 수 있는 서류에 불과한 것으로, 검정서는 세관장의 적재확인과 동등한 법적 효력을 갖는다고 볼 수 없다.

(2) 적재확인은 선박 출항 전에 받아야 한다.

청구법인은 관련 법령상 수출 등의 사실 확인은 최장 관세환급을 신청할 때까지 가능하므로 환급대상 수출물품에 대한 적재확인은 선박 출항 후 관세환급을 신청하기 전까지 받을 수 있다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 관련 법령 등에 따라 환급대상 수출물품에 대한 적재확인은 내항선이 외국무역선으로 자격 전환을 할 때 세관장이 해당 선박의 잔존유류 양을 확인하는 등 적재사항을 확인하는 것이지, 청구주장처럼 선박이 출항한 후 환급신청을 할 때 적재확인을 하는 것이라고 볼 수 없다.

한편 청구법인은 반입확인서 사후 발급을 인정하고 있는 관련 규정 등을 들어 쟁점물품에 대하여도 사후 적재확인서가 발급되어야 한다고 주장하나, 반입확인서의 사후 발급이 인정되는 경우는 「관세환급 고시」에서 보세공장·자유무역지역·보세판매장 반입물품 및 반복공급물품 등에 대하여 사후 발급대상으로 규정한 것인데, 이와 달리 선용품에 대하여는 관련 법령 등에서 적재확인서의 사후 발급을 규정하고 있지 않고, 관세청에서도 일관되게 선용품에 대한 적재확인서의 사후 발급을 엄격히 제한하고 있다.

청구법인이 제시한 조세심판원 결정례(조심 2008관49, 2008.8.28.)는 내항선에서 외국무역선으로의 자격 전환 과정에서 세관 직원이 적재된 환급대상 유류를 실제로 확인한 사실이 있어 물품 공급시점에 세관장의 수출 등의 사실 확인을 인정한 경우로, 세관장의 수출 등의 사실 확인을 받은 바 없는 쟁점물품과 동일한 경우로 볼 수 없다.

(3) 이 건 처분은 비례의 원칙 및 실질과세의 원칙에 위배되지 않는다.

청구법인은 이 건 처분으로 청구 외 AAA가 경제적 피해를 입었다고 주장하나, 청구법인에 대한 쟁점 적재확인서 발급신청 기각으로 인해 침해되는 직접적인 사익은 청구법인이 관세환급에 관한 특례의 혜택을 받지 못하는 것에 한정되고, 청구 외 AAA의 경제적 피해는 청구법인과 AAA와의 대행계약에 따라 발생한 사인 간의 민사상 손해배상에 해당하므로 이 건 처분으로 인한 피해를 AAA에 발생한 민사상 손해까지 확장할 수 없다.

나아가 법령이 정한 요건을 갖추지 못한 적재확인서 교부신청 거부처분이 의도하는 공익은 적법절차 준수에 따른 관세환급의 적정성 유지인데, 이러한 공익이 관세환급에 관한 특례를 적용받지 못하는 사익에 비하여 비례의 원칙에 위배될 정도로 낮다고 볼 수도 없다.

청구법인은 이 건 처분이 「국세기본법」상 실질과세의 원칙에 위배된다고 주장하나, 「국세기본법」상 실질과세의 원칙은 법적형식이나 외관이 실질과 다른 경우 실질에 따라 과세를 하기 위하여 인정되는 원칙인데, 이러한 과세에 대한 원칙을 이 건과 같이 관세 등 환급을 위한 적재확인서 교부신청에 직접 적용하기 어렵고, 관세환급은 수출용 원재료를 수입하는 때에 납부하였거나 납부할 관세 등을 「관세법」 등의 규정에도 불구하고 「관세환급특례법」에 의하여 수출자 또는 수출물품의 생산자에게 되돌려 주는 특혜규정이므로 이러한 특혜규정은 정해진 법령 절차에 따라 엄격히 해석하는 것이 조세법률주의의 원칙에 부합한다(대법원 2020.6.11. 선고 2017두36953 판결, 같은 취지).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

적재확인서 사후 발급신청 거부처분의 당부

나. 관련 법령(발췌)

■ 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」

제3조(환급대상 원재료) ① 관세등을 환급받을 수 있는 원재료(이하 ‘수출용원재료’라 한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 수입한 상태 그대로 수출한 경우 : 해당 수출물품

제4조(환급대상 수출등) 수출용원재료에 대한 관세등을 환급받을 수 있는 수출등은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 「관세법」에 따라 수출신고가 수리된 수출. 다만, 무상으로 수출하는 것에 대하여는 기획재정부령으로 정하는 수출로 한정한다.

4. 그 밖에 수출로 인정되어 기획재정부령으로 정하는 것

■ 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법 시행규칙」

제3조(수출등의 사실확인) 법 제4조 제1호 단서 및 동조 제2호부터 제4호까지의 규정에 따른 수출등에 제공된 물품에 대하여 관세등의 환급을 받으려는 자는 관세청장이 정하는 바에 따라 물품을 공급할 때 또는 환급을 신청할 때 세관장으로부터 수출등의 사실을 확인받아야 한다.

■ 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급 사무처리에 관한 고시」

제66조(적재허가 신청) 법 제4조 제4호 및 규칙 제2조 제4항에 따라 외국무역선(기)에 적재하는 선(기)용품 또는 원양어선에 무상으로 반출하는 물품에 대한 적재허가를 받으려는 자는 해당 물품을 적재하기 전에 별표 8의 ‘환급대상 수출물품 반입(적재) 확인(신청)서 작성요령’에 따라 전자문서로 작성한 신청자료를 공항만시스템에 전송하고, 적재장소를 관할하는 세관장에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 제출하여 적재허가를 받아야 한다.

3. 제67조 제2항에 따른 적재허가서를 발급 신청하는 경우 다음 각 목에 해당하는 서류

가. 내항자격 전환 시 과세내역을 확인할 수 있는 수입신고필증 등

나. 내항운항일지, 기관일지 및 기관설계서 사본 등 내항운항기간 중 적재 및 소비된 유류의 양을 확인할 수 있는 서류

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 쟁점 선박은 ○○○ ○○○에 입항하여 ○○○ 10:20경 처분청으로부터 쟁점물품과 함께 수입신고 수리를 받았고, 운항을 하지 아니한 상태에서 같은 날 쟁점 검정기관으로부터 쟁점물품에 대한 검정을 받은 후, 같은 날 21:00경 캐나다로 출항하였다.

(나) 청구법인이 ○○○ 쟁점 검정기관으로부터 발급받은 쟁점 검정서상 검정일시는 ○○○ 13:00으로 기재되어 있고, 각 유류의 검정량(○○○리터)은 쟁점물품의 수입신고 수량과 동일한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 2021.11.4. 처분청에 쟁점물품의 적재확인을 요구하였는데, 쟁점 적재확인서 우측 상단에 ‘익일 오후 12시까지 완료보고 요함(보고기간 이내에 선박 출항 시 출항허가 전까지 보고)’라고 기재되어 있고, 적재허가일자는 2021.11.4.로, 공급자는 청구법인으로, 품명 및 규격 란 등에는 각 쟁점물품별 수량과 근거서류로 쟁점 검정서 번호 및 수입신고번호가 기재되어 있다.

(라) 처분청은 2021.11.5. 쟁점 선박이 2021.8.26. 출항하였다는 이유로 이를 거부(기각)하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점물품과 같이 이미 선박에 적재되어 있던 선용품에 대해서는 적재확인 절차만이 유효하고, 관련 법령상 적재확인은 관세환급 신청 전까지 가능할 뿐만 아니라 쟁점검정서로 쟁점 선박 수출 당시에 쟁점물품이 적재된 사실이 확인되므로 쟁점 적재확인서가 발급되어야 한다고 주장하나,

「관세법」에서 선용품을 적재허가 대상으로 규정하고 있는 점, 「관세환급특례법」 및 같은 법 시행규칙에서 ‘수출등’ 사실 확인을 관세청장이 정하는 바에 따라 세관장이 확인하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따른 쟁점 환급 고시는 선용품에 대하여 적재허가 및 적재확인 절차를 별도로 규정하고 있으며, 특히 자격전환 선박의 잔존유류에 대하여는 과세유류와 국내 운항 중 공급 및 소비된 유류의 양을 확인할 수 있는 관련 서류를 제출하여 적재허가를 받도록 규정하고 있는 점, 「관세환급 고시」에서 일부 보세공장 등 반입물품에 대하여는 반입확인서 사후 발급을 허용하고 있으나, 이와 달리 선용품에 대한 적재확인서는 사후 발급을 허용하고 있지 아니하고, 관세청장도 법령해석을 통해 일관되게 적재확인서 사후 발급을 허용하고 있지 아니한 점, 쟁점 선박 출항 당시 세관장이 잔존유량(또는 쟁점 검정서)을 확인하였다는 객관적인 자료가 부족해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점 적재확인서 사후 발급신청을 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.